Σχετικα με την ετυμολογία του ονόματος της Αλιστρατης υπάρχουν διάφορες απόψεις και σύμφωνα με μια από αυτές, η κωμόπολη Αλιστρατης κτίστηκε πανω στα ερείπια του αρχαίου ναού του Αγίου Ευστρατίου και υποστηρίζεται ακόμη ότι το όνομα προέρχεται από το Άγιος Ευστράτιος – Αι Στρατής – Αγιστρατης – Αλιστρατης – Αλιστρατη. Κατά μια άλλη άποψη η λέξη Αλιστρατη προέρχεται από το Αρχιστράτηγος  (Μιχαήλ η Γαβριήλ) – Αρχιστρατης – Αρχιστρατη – Αλιστρατη.

Άλλα ούτε το Αγιστρατη ούτε το Αρχιστρατη φαίνονται να απαντούν σε επιγραφές, έγγραφα η κώδικες, ενώ αντίθετα συναντάμε τα ονόματα Αληστρατη και Αλεσταρτη, Αλιστρατιον και Αλεστριον. Μερικοί ξένοι ερευνητές θεωρούν το όνομα λατινικό από την λέξη  << ALISTRATE >> , που σημαίνει ανάμεσα στις οδούς.

Άλλοι λένε ότι το όνομα Αρχιστρατη σημαίνει την αρχή της στράτας (του δρόμου) και κάποιοι τολμηροί δασύνουν την λέξη Αλιστρατη και της δίνουν την σημασία της στράτας προς τη θάλασσα, όταν ερχόταν κάποιος από τα τενάγη (τους βάλτους) των Φιλίππων και υποστηρίζουν ότι προέρχεται από το αλς – αλος + στράτα = Αλιστρατη.

Όμως τελικά ο καθηγητής Τσικοπουλος και ο Γάλλος περιηγητής Ντετιε θεωρούν ότι το όνομα προέρχεται από τον Άγιο Ευστράτιο την Εκκλησία που υπήρχε στην  κωμόπολη από παλιά. Η Αλιστρατη σαν νέα μικρή κώμη αναφέρεται το 1460 σε χειρόγραφο της Ι.Μ. Εικοσιφοινισσας Παγγαίου. Επίσης την αναφέρει και ο Τούρκος περιηγητής Εβλια Τσελεμπή με την ονομασία Αι – Στρατής γύρω στα 1650. Η Αλιστρατη από αεροφωτογραφία φαίνεται να έχει σχήμα περιστεριού σε θέση προσγείωσης.

Η Αλιστρατη κτίστηκε από τους κάτοικους μιας αρχαίας πόλης της Αλεκτριουπολης η οποία εζησε σαν μικρός οικισμός κοντά στην Ι. Μ. Αγίας Κυριακής μέχρι τα μέσα του 20^ου αιώνα. Στις αρχές της Τουρκοκρατίας χτυπήθηκε από επιδημία πανώλης και οι περισσότεροι κάτοικοι της αναγκάστηκαν να μετοικήσουν στη θέση που βρίσκεται σήμερα η Αλιστρατη γύρω στο 1450. Η Αλεκτριουπολης ονομάστηκε έτσι, γιατί είχε πολλούς αλέκτορας (πετεινούς), που λαλούσαν και έκαναν αισθητή την παρουσία της πόλης στη γύρω περιοχή. Στην περιοχή της πόλης βρέθηκαν συλεμένοι μακεδονικοί τάφοι που σώζονται μέχρι σήμερα.

Γρήγορα μετατράπηκε σε ανθηρή και φημισμένη κωμόπολη λόγου του εύφορου εδάφους, της επίκαιρης θέσης της και του εμπορίου που αναπτύσσονταν μεταξύ Σερρών – Δραμας  και  Καβάλας που χρησίμευε σαν διαμετακομιστικός σταθμός μέχρι το 1894, ώσπου κατασκευάστηκε ο σιδηρόδρομος και την άφησε μόλις μερικά χιλιόμετρα (η σιδηροδρομική γραμμή περνάει δίπλα από το σπηλαίο Αλιστρατης που βρίσκεται 3 χιλ. μακριά από το χωριό), απ`εξω. Πριν ακόμη από την επανάσταση του 1821 δέχτηκε, κυνηγημένες από τον Αλή Πασά,  πολλές ελληνικές οικογένειες από την Ήπειρο και την Θεσσαλία (οικ. Μπαλλα, οικ. Γουναρη, οικ.Στεφου, οικ. Καρανανου.......και άλλες....) έτσι ώστε να είναι μια από της αξιόλογες κοινότητες της περιοχής με 600 ελληνικές οικογένειες και με λιγοστό το τούρκικο στοιχείο.